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芸薹属紫色酸性磷酸酶12(PURPLEACID PHOSPHATASE 12)基因家族的分子进化分析,表明该家族成员的密码子偏性高于AtPAP12，但成员间不存在显著差异。芸薹属PAP12基因密码子GC3s比AtPAP12高5％左右，CAI值比AtPAP12高0.003～0.015，其他一些进化相关的指标，如CBI、ENC和FOP也同样具有同样趋势。芸薹属PAP12基因编码区序列Ka/Ks和Tv/Ts小于1，表明该基因家族成员受纯化选择，不受正向选择的作用。PAML 4b中正选择模型M2a和、β&ω模型M8的BEB分析分别检测到6个和21个可能受正向选择的氨基酸位点。其中，M2a模型预测位点中仅有W463达到了显著水平，而M8模型预测位点中S144、P205、N206、L464和F467达到了显著水平，而W463达到了极显著水平。甘蓝和白菜融合形成甘蓝型油菜的过程中，芸薹属PAP12基因家族内部发生了复杂的非等位基因片段交换。如白菜中，BrPAP12-4是由BrPAP12-3部分5序列和BrPAP12-1部分3序列交换形成的嵌合体。而在甘蓝型油菜中，BnPAP12-4与BnPAP12-5发生非等位基因片段交换而产生了BnPAP12-6，表明部分同源非等位基因间的交换是芸薹属基因(组)进化的一个重要方面。