大自然保护协会首创的“自然环境的系统保护方法”(CBD)是一套综合考虑了人文背景、进行生物多样性规划和保护的系统方法。它要求对一系列相关因素进行分析和逻辑甄选，这些因素包括保护对象、威胁因子引发的生态危机、威胁因子的主要根源、主要利益相关者群、间接威胁因子／关键威胁因子的根源、最优先保护策略，以及用以监测评估保护进展的成效评估指标等。这套方法被大自然保护协会中国项目部广泛应用于滇西北地区(滇西北是中国西部一个生物多样性极其丰富但经济发展水平落后的地区)。 大自然保护协会从工作中得出的经验教训包括： (1)鉴于当地较为复杂的实际情况，进行全面而系统的规划是基础； (2)由于解决问题的方法复杂而多样，大胆尝试创新方法和对策是关键； (3)当地社区对少数几种经济来源的依赖是危险的，所以收入多元化应是重点； (4)当地政府的贫困问题和社区居民的贫困问题同样突出； (5)自然保护和扶贫专门机构双方应建立合作伙伴关系，共同协调项目活动并共享资源和技术。