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参照已发表的H5N1亚型禽流感病毒的HA基因序列,设计了1对引物,对高致病性禽流感病毒株A/Duck/XJ/3(H5N1)、A/Duck/XJ/4(H5N1)、A/Goose/XJ/10(H5N1)经RT-PCR扩增和克隆获得了HA的全长序列,分别为1779bp、1707 bp和1758bp.序列分析表明,在HA切割位点。附近均有多个连续的碱性氨基酸(-R-E-R-R-R-K-K-R-)插入,具有高致病性禽流感病毒的特征.同源性分析表明,新疆分离株之间的核苷酸同源性在97.5％～98.7％之间；与来自青海湖斑头雁、广西天鹅、香港白鹭和台湾鸽等不同野禽源性毒株的同源性为97.2％～100％；与来自香港、越南、浙江的人禽流感毒株的同源性为95.7％～98.2％。