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通过NCBI/GENBANK数据库检索，找出气单胞菌外膜蛋白的序列信息进行比对并找到保守序列片段，据该片段从嗜水气单胞菌和杀鲑气单胞胞菌的全基因组序列中钓出Ⅱ型孔蛋白基因的全长序列及其两端的序列，据两端序列的保守区域设计一对特异性引物。用该引物扩增鳗鱼病原库中30株气单胞菌的Ⅱ型孔蛋白全长基因，经测序后获得10株菌的Ⅱ型孔蛋白基因全长序列。比对分析后，选取其中一株菌(B11)的孔蛋白基因进行其表达产物的蛋白结构预测、亲水性分析和抗原决定簇分析。结果表明该蛋白是具有三级结构的跨膜蛋白，亲水性强且具有多个抗原决定簇。本研究结果为欧洲鳗鲡(Anguilla anguilla)基因工程二联疫苗的研制准备了理论基础。