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评价现有烟草骨干亲本的烟草普通花叶病毒(TMV)、黄瓜花叶病毒(CMV)、马铃薯Y病毒(PVY)三种病毒病的抗性及其遗传多样性和亲缘关系,可以为烟草病毒病抗性改良提供理论支撑。本研究采用温室苗期人工接种方法对73份我国自育烤烟品种的主体骨干亲本进行三种病毒病抗性鉴定,并利用覆盖烟草全基因组的SSR引物进行品种间的遗传多样性和亲缘关系的分析。结果显示:(1)供试材料对三种病毒病的抗病性存在较大差异。对CMV表现高抗的有CV88等23个品种;表现中抗的有82-3041等23个品种;表现中感的有抗66等15个品种;表现高感的有白花205等11个品种。对TMV表现免疫的有台烟九号等6个品种;表现高抗的有台烟十一号等11个品种;表现中抗的有秦烟95等19个品种;表现中感的有SH.86-1等21个品种;表现高感的有云烟2号等16个品种。对PVY表现免疫的有抗88等5个品种;表现高抗的有革新五号等33个品种;表现中抗的有NC55等15个品种;表现中感的有抗66等17个品种;表现高感的有云烟87、中烟101和Coker176。不存在对三种病毒病都表现免疫的品种;同时对TMV和PVY免疫的品种是龙烟一号和FC8;同时对三种病毒病都表现为高抗的是抗88等7个品种。(2)从分布于全基因组的2000多对SSR引物中筛选出条带清晰、多态性稳定的104对引物,共筛选出343个等位位点,每对引物的等位变异为2~6个,平均为3.27个;基因型多样性变化范围是0.053~0.728,平均为0.374;引物多态性信息(PIC)含量为0.052~0.679,平均为0.333,表明SSR标记可以较丰富的反应群体的遗传多样性。73份供试品种间的遗传相似系数为0.433~0.971,其中78.5%的品种遗传相似系数大于0.600,说明我国烤烟主体骨干亲本间遗传相似系数较高,进一步说明我国目前自育品种遗传背景狭窄,遗传多样性不够丰富;UPGMA的聚类分析结果显示,在阈值为0.52时,可将全部参试品种分为2个类群,分子聚类结果与品种亲缘关系吻合度较高,符合品种系谱的真实特性。本研究结果表明我国自育品种遗传来源狭窄,需要充分利用现有病毒病抗源,兼顾其遗传上和地理上的遗传多样性,科学合理地配置育种组合,发掘烟草不同品种间的病毒病非等位抗性位点,提高烟草抗病毒病育种效率。