【摘 要】
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PMTED,植物MicroRNA (miRNA)靶基因表达数据库,在搜集了12个物种的miRNA并为之预测靶基因以及搜集GEO中这12个物种的Affymetrix平台的芯片实验的基础上,主要提供这些miRN
【机 构】
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吉林大学计算机科学与技术学院符号计算与知识工程教育部重点实验室,吉林长春,130012中国农业科学院作物科学研究所,北京100081
【出 处】
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第三届全国小麦基因组学及分子育种大会
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PMTED,植物MicroRNA (miRNA)靶基因表达数据库,在搜集了12个物种的miRNA并为之预测靶基因以及搜集GEO中这12个物种的Affymetrix平台的芯片实验的基础上,主要提供这些miRNA的靶基因在大量的来自不同生物过程的芯片实验中的表达数据,不仅提供基本表达数据的浏览与查询,还对一部分数据进行了meta分析；不仅适用于已验证的miRNA,还可以通过一个在线靶基因预测入口服务于候选miRNA.数据库主要包括两个功能模块：Basic Informaion模块,用于提取miRNA靶基因的基本信息,包括序列信息、Gene Ontology信息及在芯片实验中的表达及差异表达数据；Meta-Network模块,用于浏览与查询meta分析的结果,通过基于Cytoscape web的图形交互界面向用户展示由meta分析产生的miRNA与各生物过程之间的网络关系.PMTED的目的： (1)通过对公共数据库中已经存在的大量靶基因表达数据的充分利用推进植物miRNA的研究； (2)为研究得较少的物种提供模式植物如拟南芥和水稻的参考知识以辅助这些物种中miRNA的研究.
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