治理蓝藻暴发是世界性难题,但采用恰当方法可得到相对较快控制和治理。太湖生态环境问题主要是蓝藻暴发、规模"湖泛"、富营养化、生态退化,均与治理蓝藻暴发密切相关。"水华"与蓝藻暴发有同异,蓝藻暴发必然是"水华",而"水华"不一定是蓝藻暴发。蓝藻暴发可富集N、P,其危害主要表现在暴发及死亡期。影响蓝藻暴发因素主要是种源及水文气象、营养物质、生物及其种间竞争等生境。蓝藻暴发主要在太湖西半部、北部湖湾。治理思路是削减蓝藻数量和治理富营养化相结合;削减蓝藻数量持续超过蓝藻增殖量时,蓝藻暴发程度就能持续减轻,直至消除;分水域治理。治理措施概括为控源截污、打捞蓝藻、生态调水、生态清淤和生态修复五类工程技术措施及相应保障措施。控源截污减少外源入湖是最基本的长期措施,效果显示缓慢;打捞蓝藻是标本兼治的长期措施,见效较快;调水是带走蓝藻和增加环境容量的有效措施;清淤是清除蓝藻种源和减少N、P释放的必要措施;生态修复是增加水体自净能力、抑藻和恢复生物多样性的长期措施,效果缓慢,其主要作用是改善生境。自2007年供水危机至今治理太湖取得阶段性良好效果,持之以恒至2030年可消除蓝藻暴发现象。