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随着全国不同区域主体功能的划分和定位，需要在区域主体功能差异配置的基础上实行双重生态补偿，包括生态修复补偿和生态贡献补偿。生态修复补偿实行谁破坏谁补偿原则，分为自行补偿和委托补偿、等量补偿和加倍补偿等方式，并可进行异地置换修复补偿；生态贡献补偿遵循共建共享原则，以上级财政转移支付为主要补偿途径，需要合理确定生态补偿水平，还可以实行飞地补偿。