从统收统支到包干制，到分税制，再到公共财政，我国财政体制经历了一次又一次重大转变。 与此同时，环境财税制度也随之改革发展，对环境保护事业产生深远影响。然而，我国现有的财税制度与环境保护方针政策存在矛盾之处，主要表现在：环境财税体制本身与可持续发展相悖;政府问环境事权与财权划分不匹配;“总部经济”导致污染治理难度加大;土地财政加大环保压力;转移支付政策的制定没有侧重考虑环境因素;现有的税收体系绿色度不高等。 这些使得财税制度不能充分发挥在污染控制中的调控作用，财税政策效应不明显，使得尽管政府逐年加大环境保护支出，但资金需求缺口仍然很大，环保投资缺乏稳定资金来源，环境保护财税体制需要进一步完善。政府应按照可持续发展的要求对现有财税制度进行改革，以促进经济与环境的协调发展。