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从系统学视角来看，多种创新主体以及外界的环境共同构成了一个复杂的协同创新生态系统。政府、高等院校、行业企业、科研机构以及科技中介等创新主体在协同创新系统中扮演着的角色和定位不尽相同，发挥的功能和作用也各有差异，因此明确创新主体角色及其功能定位，是推进高校协同创新的首要任务。协调各主体之间的利益关系，一方面要逐步完善制度体系，另一方面要创建合作与共赢的文化氛围，使主体之间形成相互认同的价值观。