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本文基于系统科学自组织理论，分析了一般信息系统自组织演化发展所必须具备的客观条件，提出利用管理耗散方法促进民航信息系统实现熵减，并通过建立耗散结构保证系统有序性不断增加，从而达到持续改进；以民航安全检查设备信息系统升级改造为例，分析和论述了信息系统的自组织演化过程；根据我国民航信息化发展现状，总结提出了系统自组织理论对民航信息化建设工程的指导建议。