为分析2012年河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本研究设计合成2对扩增S1基因的特异性引物,利用RT-PCR方法,对2012年分离的5株PEDV毒株的S1基因进行扩增、克隆和序列测定,并对其进行遗传进化分析.结果表明:5株PEDV S1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为98.3％～99.5％和97.1％～98.9％,与2011年以来国内登录的PEDV流行变异株核苷酸同源性为97.8％～99.2％,氨基酸同源性为97.4％～99.1％.与经典毒株CV777核苷酸同源性为88.7％～89.1％,氨基酸同源性为87.3％～88.4％.5株分离株S1基因均存在相同的插入和缺失,与2011年以来国内登录的流行变异毒株相比没有大的变异,但与参考毒株CV777相比较,在第163-166bp处有3个核苷酸插入,在173-174bp之间有9个核苷酸插入,在405-406bp之间有3个核苷酸插入,在463-464bp之间有3个核苷酸缺失,这些位点核苷酸的插入和缺失导致了其编码的氨基酸相应改变.S1基因系统进化树分析表明,5株分离株与2011年以来国内登录的流行变异毒株均属于基因Ⅲ群,与2011年国内登录的少部分PEDV基因Ⅰ群流行毒株的核苷酸同源性为88.6％～89.3％,氨基酸同源性为85.3％～86.9％,而经典毒株CV777所在分枝群属于基因Ⅱ群.表明2011年以来,我国流行的PEDV毒株中同时有基因Ⅲ和Ⅰ群的存在,但以基因Ⅲ群毒株为主,其致病性和抗原性差异仍有待进一步研究.