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柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)是长线形病毒科(Closteroviridae)长线形病毒属(Closterovirus)成员,能侵染大多数的柑橘种、杂种及其近缘种。由CTV引起的柑橘速衰病是柑橘上为害最为严重的病毒病,可导致柑橘产量降低和树势减弱甚至树体死亡。已有的研究发现,该病毒致病性存在明显差异,并根据其分子特点可划分为T30、T36、VT和T3 4个基因型,其中T30为弱毒株系,VT为强致病力的衰退株系,T36和T3也具有较强的致病力。为明确我国发生的CTV致病性及基因型特点,本研究组对收集的近180份CTV样品进行了株系的初步鉴定,筛选出2个弱毒株系及1个强毒与弱毒株系混合感染的样品。本研究选取10份CTV感染的柑橘样品进行了CP基因的Hinf I/RLFP分析,结果显示,有3个样品为Hinf I/RLFP组群Ⅳ、V和Ⅷ的CTV单独感染,其他样品均为2个以上Hinf I/RLFP组群的CTV混合侵染。进一步采用Hilf等(1999)根据T36、T30、VT和T3的基因组ORF1a、ORF1b及ORF2区域序列特征差异设计的VT-K17、VT-Pol、VT-5’、T3-K17、Y30-K17、T30-Pol、T30-5’,T36-K17,T36-Pol和T36-5’共10对引物,通过RT-PCR扩增,对这10个CTV分离物的基因型进行了鉴定。结果显示除N21为VT基因型、N4为T30基因型外,其他样品存在多个基因型CTV混合感染,其中样品B15、B16、S36、S39和LR1带有VT+T36+T3基因型,BX与S40带有VT+T36+T3+T30基因型,S45带有T3+T30基因型。为验证该结果,对这些混合感染样品的VT-K17扩增产物进行了克隆和测序,结果显示除S45与T30亲缘关系较近外,其他分离物均与VT较近,但这些分离物间核苷酸序列存在较大差异,相似性为88%～99%。对S45的T30-5’扩增产物及CP基因进行克隆及测序的结果表明,该分离物的5’UTR序列与T30最近,而其CP基因则表现出强毒株系的特点,具有强毒株系CP基因的Hinf I/RLFP带型(V),且其核苷酸序列与T3同源性最高,为97.3%,初步推测该分离物存在强毒分离物与弱毒分离物间的基因重组。