目的了解广东口岸结核分枝杆菌复合群(MTBC)主要流行菌株及输入性菌株的分子流行病学特征。方法采用熔解曲线间隔区寡核苷酸分型(melting curve spoligotyping,McSpoligotyping)技术对广东口岸558株MTBC菌株进行基因分型,将分型结果与SITVITWEB数据库进行比对,获取间隔区寡核苷酸国际型别(spoligotype international type,SIT)编号,并用BioNumerics 7.6进行聚类分析。结果558株MTBC菌株共分为107种基因型,其中66种归属于8种基因家族及4种家系。家系2和家系4共占菌株总数的86.38%(482/558)。6个主要流行簇分别为SIT1、SIT53、SIT52、SIT50、SIT190和SIT19,其中SIT1为最大流行簇。17株输入性MTBC包含北京家族、拉丁美洲和地中海(Latin American and Mediterranean,LAM)、East African Indian(EAI)、T、Africanum(AFRI)及未定义的基因家族,其中包含23.53%(4/17)的新基因型。北京家族菌株耐药率为27.25%(106/389),非北京家族菌株耐药率为23.81%(40/168),差异无统计学意义(χ~2=0.72,P=0.40)。典型北京家族菌株耐药率为26.03%(95/365),非典型北京家族菌株耐药率为45.83%(11/24),差异有统计学意义(χ~2=4.46,P=0.03)。结论广东口岸以家系2和家系4 MTBC为主要流行菌株,输入性菌株以来源地区流行的基因家族和新基因型为主,应加强对主要流行菌株及输入性菌株的分子流行病学监测。非典型北京家族菌株与耐药性具有相关性。