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保结构算法旨在使得离散后的力学问题在最大程度上与原问题保持在同一框架体系下。本文借助保结构算法思想研究了微扰哈密顿系统的数值分析问题。利用变分原理，构造了微扰Sine-Gordon 方程的微扰多辛形式；采用中点离散方法，构造了该微扰多辛形式的微扰多辛中点离散格式；通过计算机数值实现，验证了该微扰多辛格式的高精度，同时保持了原微扰哈密顿系统的某些几何特性。