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农村内源性污染主要来源于农业生产、农户生活，其中农业生产中农用化学品、畜禽养殖、作物秸秆污染尤为典型。农户生活产生的生活污水、生活垃圾污染尤为典型。农用化学品呈现使用量大，区域分布不平衡，利用率低等特征;畜禽粪便呈现产生量大，污染物浓度高，处理率低，综合利用方式不足等特征;农村生活垃圾呈现产生量大，成分多元化，处理方式简单，管理落后等特征;农村生活污水呈现产生量大，污染物成分复杂，处理方式简单等特征。