根据区域地下水自然资源属性、生态与环境属性、经济社会属性和规划期水资源配置对地下水开发利用的需求及生态与环境保护的目标要求，地下水功能区按两级划分，以便于流域机构和各级水行政主管部门对地下水资源分级进行管理和监督。
　　地下水一级功能区划分为开发区、保护区、保留区3类，主要协调经济社会发展用水和生态与环境保护的关系，体现国家对地下水资源合理开发利用和保护的总体部署。
　　在地下水一级功能区的框架内，根据地下水资源的主导功能，划分为8种地下水二级功能区，其中，开发区划分为集中式供水水源区和分散式开发利用区2种二级功能区，保护区划分为生态脆弱区、地质灾害易发区和地下水水源涵养区3种二级功能区，保留区划分为不宜开采区、储备区和应急水源区3种二级功能区。地下水二级功能区主要协调地区之间、用水部门之间和不同地下水功能之间的关系。