麻黄属(Ephedra)隶属于倪藤类(Gnetales)麻黄科(Ephedraceae),全世界约有50种,呈洲际间断分布。该属是裸子植物中唯一含多倍体物种较多的类群,形态变异丰富,生境多样,因而是研究物种形成与适应性进化及生物地理学的好材料,也是探讨裸子植物进化关系的关键类群之一。目前,麻黄属的研究非常缺乏核基因组的信息。本研究采用SMART方法构建膜果麻黄(E.przewalskii)不同器官的全长均一化cDNA文库。经过大规模的质粒提取和测序,共得到15141条高质量的EST序列,序列的平均读长为670 bp。EST聚类分析后获得9586个unigenes,其中包括3160个contigs和6426个singlets。Blast比对结果表明:分别有67.9%、68.4%和67.6%的麻黄Unigenes与Arabidopsis thaliana、Populus trichocarpa和Oryza sativa的基因具有显著同源性(BLASTx,E值≤1e-10),70.4%和68.5%的Unigenes在Piceaglauca和Pinus taeda中找到显著的同源PUTs(putativeunique transcripts)(tBLASTx,E值≤1e-10)。功能分析表明:5041(52.6%)个Unigenes与1706个pfam结构域具有显著的相似性(BLASTx,E值≤1e-10),其中176(3.5%)个Unigenes编码调控因子。本研究构建的膜果麻黄全长cDNA文库为克隆麻黄属植物的相关基因及探讨该属的进化问题提供了一个重要平台。