梭梭线粒体基因组测序及功能分析

来源 :陕西省植物学会2016年学术年会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dfg4g4354yh
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  梭梭(Haloxylon ammodendron)为藜科梭梭属植物,旱生超旱生小乔木.梭梭叶片退化成鳞片状,以同化枝进行光合作用,根系发达,具有极强耐贫瘠、耐干旱、耐盐碱、抗风沙等特性[1-4].梭梭分布于我国内蒙古、甘肃、新疆等地的固定沙地、丘间低地和平原、沙砾质戈壁上,为我国西北荒漠地区植被的主要建群种[3],是研究植物耐盐抗旱机理,开发抗逆基因资源的优良材料.线粒体是真核生物一种重要细胞器,位于新陈代谢和能量转换的中心地位[5-7].植物线粒体基因组具有重组率高、基因突变率低等特点[8],在植物系统进化、能量代谢等方面具有重要的研究价值.本研究以梭梭黄化苗为材料,提取线粒体DNA,应用NGS测序并组装拼接,最终获得梭梭线粒体DNA全长共计220900bp.经序列查找和同源比对分析,梭梭线粒体DNA中共检测到53个编码基因,其中包括27个蛋白编码基因和26个tRNA基因.基因间有重复排列,间隔较大.利用GenomeVx对梭梭线粒体DNA进行基因注释.使用MEGA分析显示,梭梭线粒体DNA和编码基因碱基组成均具有明显的AT偏向性,AT含量在55%左右,tRNA存在GC偏向性.蛋白编码基因序列碱基百分含量存在A>T>G>C规律,密码子使用存在着强烈的偏向性.所有蛋白编码基因均以ATG为起始密码子,以TAA、TGA和TAG三个终止密码子正常终止.梭梭线粒体基因组的测定为深入开展梭梭抗逆分子机理、系统进化、与寄生植物肉苁蓉之间的水平基因转移和协同进化等方面的研究奠定了重要基础.
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