对多株或多种益生菌或益生菌与其它物质如益生元作为微生物饲料添加剂配合应用进行了论述。这些产品有效地改善了宿主肠道微生态平衡，促进了动物的健康和福利，由于益生菌对环境因素如温度、湿度和氧气等的敏感性，在生产和贮存时应对其进行保护。特别要注意影响细胞活性的因素，本领域未来的挑战包括对新的有效应用的识别、适用技术、材料和菌株的选择以及使微囊化产生的附加费用最小。冻干和喷干被认为是保存细菌和生物材料最方便和最成功的方法。可是，当用冻干法干燥益生菌和其他细胞时，由于菌体膜脂物理状态的改变或敏感蛋白结构的变化。产生了各种不良影响。如细胞膜的渗漏。在冻干和贮存时，通过加入保护剂可提高益生菌的稳定性。喷干是经济和有效的微生物饲料添加剂制备技术，然而，由于在干燥时同步脱水、温度和氧气应激，这种方法导致了益生菌高度死亡。但与冻干相比成本低、节能，与其它干燥法(如冻干)相比，喷干法在商业上还开发得不够。其原因主要是在干燥时益生菌的存活率低，在贮存时稳定性差，以及产品难于水合。针对此问题的一个充满希望的解决方法就是微胶囊技术。为了保护益生菌核心免受胃酸环境和细胞膜免受胆盐的有害作用，可对干燥的益生菌微胶囊进行增层(加壳)喷涂。这种附加层可能有助于菌核在胃肠道所希望的位点进行释放。在产品的加工、分发、贮藏期间以及在胃肠道中，微胶囊能增强对干燥益生菌细胞的保护。