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沟渠湿地是农田排水中有机质的最初汇集地，40cm以下深度的底泥中有机质含量高，是同一层次农田土壤的3倍左右。湿地底泥表层中的有机质浓度变化大，最高与最低值相差3倍多。因此，表层底泥中的有机质在干、湿交替条件下容易分解转化，而在40cm以下有显著的累积效应。芦苇和茭草湿地水体中的有机质最高浓度出现于1～3月，远超地表水V类水质标准，而在其余季节含量较低。有机质的这种年度变化主要由植物生长和残体分解引起。死亡的植物茎叶沉积在底泥表层，引起底泥有机质矿化速率发生变化，9月～次年6月芦苇底泥有机质的矿化速率为21.25～133.55g/(m3·d-1)，茭草底泥为30.36～119.57g/(m3·d-1)。