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目的 利用真菌核糖体基因内转录间隔区（ITS）序列分析和系统进化学分析来研究新生隐球菌上海变种的地位及变种间ITS序列的差异。方法采用真菌通用引物ITS1、ITS4对12株新生隐球菌不同变种标准株的ITS片段进行PCR扩增和测序，结合基因库等数据库中11株新生隐球菌标准株的ITS序列．用CLUSTALW1．83软件多重比对分析序列的差别，MEGA3．1软件处理数据绘制系统进化树。结果新生隐球菌变种之间ITS序列存在明显差异，存在6种亚型；gattii变种ITS序列存在4种亚型。中国发现的新生隐球菌上海变种S8012与gattii变种在表型及分子生物学研究均存在显著的差异，但仍属于变种内差异。结论我国发现的上海变种S8012归入gattii变种的ITSC型，原gattii变种RV20186归入gatt／i变种的ITSF型。