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Bioconductor是一个基于R语言的开源软件项目，致力于牛物数据的分析和处理。海量牛物数据的分析和处理是推动当前生物信息学和系统牛物学迅速发展的丰要动力之一。新的实验手段和计算方法层出小穷，导致不同数据之问的整合、不同方法之问的衔接、方法和数据的集成逐渐成为一个在现实研究工作非常棘手的问题。在Bioconductor社区卓有成效的努力下，大量的数据库和相关算法被集成到Bioconductor这个统一的框架中，加上R语言在统计分析上的卓越性能，有效地解决了相关科研工作中的很多现实问题，极大地方便了相关领域的研究工作。 本文以人类蛋白质相互作用网络的G0语义相似性分析为例，通过与Java语言的对比，展示了R语言以及Bioconductor的强大威力和方便快捷。如有需要，可以向作者发邮件索要本文涉及的所有代码。