在菌株筛选过程中，首先要根据产品的功能要求，有针对性地制定筛选方法程序，为了保障所生产的微生物菌剂能够达到特定的生物功效，就必须围绕所确定的生物功效进行菌种筛选工作。其次，从自然界取样筛选菌株时要考虑将来菌株的施用地点。再是，在保证特定生物活性功能的基础上，还要考虑菌株的遗传稳定性，必须在大规模扩繁的生产过程中不发生变异，仍然能够保持生物功能。菌株是否易于发酵生产也是能否顺利实现商业化的重要指标。 在菌剂生产方面，大规模液体发酵是提高产品质量和降低成本的最佳手段，要在发酵工艺，特别是液体菌剂稳定剂方面作深入的研究，以较低的成本，生产出高品质的微生物肥料和菌剂。 通过新的菌种选育手段筛选功能强大的菌株，利用现代液体发酵工艺大规模低成本地生产微生物菌剂，辅以稳定剂型研制，达到全面提升我国农业微生物产品质量的目的，使得微生物更好地为我国农业的持续发展作出应有的贡献。