[目的]鸡毒支原体(MG)感染广泛分布于世界各地,常伴随大肠杆菌(E.coli)或新城疫病毒及其他病毒混合感染,严重影响畜禽业健康发展。中兽药因具有多种生物学作用,在对复杂性疾病的治疗方面有独特的优势。本研究运用网络药理学及组学联用的方法,构建疾病网络与药物网络,通过该网络筛选获得"选定中药复方"及其核心靶点、关键活性成分、调控的信号通路,诠释其抗病的整合机制,为抗MG和E.coli混合感染的新药开发提供理论依据。[方法]首先构建混合感染动物模型,鉴定成功后取感染鸡的肺组织进行转录组测序。根据筛选出的差异表达基因,通过KEGG富集分析、GO富集分析及蛋白互作网络等方法,找出与混合感染的发生及调节相关的基因,即为关键靶点,利用Cytoscape构建"疾病-靶点"网络。从TCMSP数据库下载整库数据,构建"中药-分子-靶点"的网络图,将两个网络映射为"中药-分子-靶点-疾病"的总网络。通过节点的度(Degree)大小判断(中药活性成分/药物作用靶点)即节点在网络拓扑学上发挥作用的大小,从而找到关键中药组合、其相关活性成分及靶点。[结果]RNA-seq筛选出差异基因3,115个,其中上调基因1,456个,下调基因1,659个。通过GO富集分析发现,差异基因主要集中于对刺激的反应以及免疫反应等方面。根据KEGG富集分析结果,筛选了38个不同信号通路中发生差异表达的基因,并对其进行蛋白互作网络的构建,共得到了58个靶点。在"中药-分子-靶点-疾病"的总网络中,对所选靶点进行反向筛选中药,结果得到分值(score)排名前30的中药。根据中医理论分类选出分值靠前的六味中药,包括连翘、板蓝根、桑白皮、银杏叶、甘草、丹参。[结论]本研究成功构建了MG与E.coli混合感染的动物模型,并利用RNA-seq筛选出了混合感染的关键靶点,并对混合感染的相关机制进行了剖析与验证。本研究首次基于网络药理学的方法筛选MG和E.coli混合感染适用中药复方制剂,为寻找和开发对抗本病的靶标药物或防治措施提供了新途径。