中医学在医疗实践中具有其独特的自身优势和科学价值。但由于中医学特有理论体系和研究方的双重限制,使得支撑中医学现代化发展的系列科学问题不能有效解决,从而严重制约了中医学的学术进步和有效发展。系统生物学是一种集成了分子生物学及"组学"技术和思想的整合性科学,系统性思想是其核心理念。代谢组学作为系统生物学的重要组成部分,其系统性的研究思路与中医学整体观念的理论内涵十分相似,利用代谢组学技术对中医学现代化发展过程中的系列科学问题进行系统研究,从代谢组学层面对中医学的科学价值进行阐明将是发展中医药学术的有效途径。本研究基于UPLC-ESI MS的代谢组学技术,进行了中药代谢表型分析、中药作用机制和中医方剂配伍规律的示范性研究。从代谢组学层面,系统阐明刺五加的性状分化机制和质量属性、阐明茵陈蒿汤的保肝作用机制和熊胆解酒护肝的作用机制、六味地黄丸的补肾作用机制、以及天芪降糖胶囊防治2型糖尿病的作用机制、并初步阐明六味地黄丸"三补三泻"配伍组方的科学意义。研究结果显示,传统中医学与系统生物学(代谢组学技术)的有效碰撞与借鉴,是解析中医学科学问题的有效尝试,是一种既遵循中医学理论内涵又系统深入的研究方法。代谢组学技术的实践应用昭示了系统生物学在中医学现代化研究中巨大潜力和应用前景,能够切实推进中医学的学术进步和现代化发展。