着丝粒是真核生物有丝分裂和减数分裂染色体正确分离和传递所必需的染色体区域，含有大量重复序列。本研究利用小麦着丝粒特异序列和黑麦着丝粒特异重复序列鉴定小麦-黑麦远缘杂交后代植株的着丝粒变化及黑麦端部异染色质变化位置。结果发现：黑麦染色体的端部异染色质发生位置的改变和全部丢失但能稳定遗传到下一代。非常有趣的现象是：在黑麦附加系后代发现小麦1B染色体部分区域形成类似线虫的染色体--多个着丝粒聚集在一起并子体细胞中可稳定传递。在6D/6R代换系的后代中发现一条只含有黑麦着丝粒区的小染色体，但其着丝粒区域明显大于正常黑麦染色体，同时还发现含有两个和四个黑麦着丝粒区的环染色体，以及含有四个黑麦着丝粒区的线性染色体。初步结果表明外源染色体可诱导小麦染色体的变异及外源染色体自身的变异在小麦远缘杂交过程中起重要的作用。