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种子外部带菌与加工储存环境相关性较大，所以对泽泻种子的加工过程和贮存环境进行严格消毒管理是保证泽泻种子健康度的必要措施之一，福建和江西两产地的泽泻种子内部带菌率差异显著，说明泽泻种子内部带菌率与品种和产地相关性较大，采用5中药剂对泽泻种子进行消毒处理，其中75％百菌清可湿性粉剂，37%苯醚甲基唑水分散粉剂，25%多菌灵可湿性粉剂这三种药剂对泽泻带菌种子有一定的抑菌效果，对江西泽泻种子的消毒效果最高达到83.1%，对福建种子的消毒效果最高达到100%。