于马祖地区及邻近福州马尾地区设置六处酸雨采样站,分别位于南竿乡南竿气象站、北竿乡中山国中、东引乡民代表会、黄岐镇黄歧中学、连江县百胜中学及梅花镇梅花中学等六处地点,进行酸雨采样,并分析雨水酸硷值(pH)及化学成份,借以了解马祖地区酸雨化学成份及雨水酸化原因。马祖地区之盛行风向为东北风,历年冬季降雨量普遍仅有50mm～100 mm间。本计画采样期间7月至9月pH值主要分布在4.0至6.0,进入秋季过后雨水pH值下降到4.0～5.0之间,明显有下降的趋势。而本计画采样期间,7至12月每月酸雨发生率分别为6.7％、19.2％、47.4％、48.9％、83.3％。由采样结果显示,10月过后酸雨发生率明显上升,其中又以连江县百胜中学采样站发生率最大,酸雨平均发生率达60％。由雨水化学成份分析结果显示,马祖地区雨水中Na+、Cl-浓度普遍较高,显示海岛型的马祖地区容易受到海盐影响此外,马祖地区主要致酸离子为SO42-,而福州马尾地区主要致酸离子除SO42-外,NO3-亦是重要致酸物种。