目的：通过分析石榴木质素相关蛋白PgCAD蛋白研究石榴软籽机制. 方法：利用生物信息学方法对与石榴籽发育密切相关的CAD蛋白开展了其在18种树种中的系统进化分析,并对与石榴CAD(PgCAD)不同亲缘关系的EgCAD、AtCAD蛋白的氨基酸组成成分、理化性质及其二级和三级结构进行预测和分析. 结果：C AD系统发育树显示,在这18种树种中,与石榴亲缘关系最近的是巨桉,而与其亲缘关系最远的是拟南芥.3种蛋白氨基酸数目存在一定差异,PgCAD蛋白和EgCAD蛋白属于亲水性蛋白,AtCAD蛋白属于疏水性蛋白;PgCAD蛋白和EgCAD蛋白的二级结构均以a-螺旋和随机卷曲为主要组成成分,AtCAD蛋白则以a-螺旋、随机卷曲和延伸链为主;PgCAD蛋白和EgCAD蛋白的三级结构十分相似,与AtCAD蛋白的三级结构有明显差异;分析表明PgCAD蛋白和EgCAD蛋白含有NADB结构域,其基因均属于NADB-Rossmann超家族,模序分析显示石榴与其近源物种的CAD蛋白的保守性较强,模序的类型及分布较一致,而AtCAD则含有锌结合脱氢酶结构域,其模序类型及分布与PgCAD蛋白和EgCAD蛋白有明显的差异. 结论：CAD蛋白在石榴与巨桉中的结构具有一定的保守性,而与拟南芥由于亲缘关系较远同源蛋白结构差异较大,为进一步认识石榴木质素合成过程中PgCAD蛋白生物学功能提供信息,同时也为阐释石榴CAD调控木质素合成对石榴软籽发育的影响奠定一定的工作基础.