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应用荧光定量PCR技术检测水中微囊藻(Microcystis)数量，方法检出下限低，准确度、精密度基本满足分析技术规范要求。与显微计数法的比对结果表明，微囊藻数量在显微计数法的检出范围内(>103cell／ml)，两种方法相对误差<20％;实验室标准微囊藻藻株的比对结果经F检验、t检验，两种方法无显著性差异。荧光定量PCR法的实际应用表明，该方法灵敏度高，特异性强，自动化程度高，需要的样品量少，时效性强，可及时反映水中微囊藻和有毒微囊藻数量的动态变化，适用于大批样品的微囊藻数量的监测。