长期以来对针灸的作用机制有不同的学说。其中有一种学说认为针刺穴位作为一个外在刺激可能首先激活相应的中枢神经系统，通过中枢神经系统调控神经-内分泌-免疫网络继而影响靶器官。脑功能磁共振(fMRI)则为阐明针刺治疗的中枢机制提供了一种现代医学研究手段。脑功能磁共振(fMRI)fMRI将高分辨率磁共振成像技术和神经活动相结合可以研究活体脑神经细胞活动的一项新技术指在进行身体功能运动时，应用磁共振(MR)超快速(ms级)扫描大脑，动态显示脑特定功能区。fMRI主要是应用血氧水平依赖法(BOLD)成像。当脑特定功能中枢被激发活动时，局部血流量瞬间快速增加，含氧血红蛋白含量增多而去氧血红蛋白减少，在fMRI图像上，可以运用不同色彩标示脑功能区血氧含量的改变是目前人类所掌握的唯一无侵入、无创伤、可精确定位的人脑高级功能研究手段。本文对研究发现与临床证实进行了介绍，简述了手针和电针对脑活动的效应对比、不同频率电针刺激穴位对脑活动的效应对比、不同针刺时间长度对脑活动效应比较等。