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通过基于微孢子虫ITS(ribosomal internal transcribed spacer)基因的PCR扩增和序列分析,对采集的43个种类的1,882份非人灵长类的粪便样品进行遗传特性研究.结果共检测到28个种类的306份(16.3％)非人灵长类的阳性样本,感染率从2.6％到100％不等.对于不同地区,广东、云南、广西、四川、河北、河南、湖北、湖南、山西、北京和上海的感染率分别为70.2％、21.5％、8.5％、7.5％、5.6％、29.0％、15.2％、18.2％、37.3％、29.2％和41.4％.圈养猴类(18.9％,288/1,522)的感染率比在自由饲养(5.0％,18/360)的动物感染率高.在圈养生活的非人灵长类动物,猴场的感染率为13.0％,动物园感染率为24.3％和研究所感染率为26.5％.总共发现34个微孢子虫ITS基因型,包括16个已知基因型(D,O,EbpA,EbpC,EbpD,Ⅳ,HenanⅤ,HenanⅣ,Peru8,Peru11,PigEBITS5,PigEBITS7,CS-1,BEB4,BEB6和Ⅰ型)和18个新基因型(CM1-CM18).感染率最高为基因型D(70/306,22.9％),然后是CM1(58/306,19.0％),Ⅳ型(31/306,10.1％),CM4(28/306,9.2％),EbpC(16/306,5.2％),O(13/306,4.3％),CM16(13/306,4.3％).其中基因型D,EbpC,CM4和O型在非人灵长类中广泛分布(9-14种),然而基因型 Ⅳ型,CM1和CM16分布在1-4种的非人灵长类物种.26个基因型(263/306,86.0％),不包括基因型BEB4,BEB6,Ⅰ,CM4,CM5,CM7,CM9和CM18型的系统发育分析表明,群1具有人兽共患性.新的基因型CM5,CM7和CM9 BEB4,BEB6和Ⅰ型聚集在群2.剩余的两个基因型(CM4和CM18型),在其他两个非入灵长类的基因型之间形成新的集群(群9).对126份ITS基因阳性的微孢子虫的群体遗传分析发现,属于Ⅳ,D,Peru8,Henan Ⅴ,Peru11,PigEBITS7,CM1,CM2和CM3基因型.对成功扩增所有的4个微卫星和小卫星(MS1,MS3,MS4,MS7)及ITS基因的85个分离株进行群体遗传结构分析,总共发现59个多位点基因型.使用多位点和等位基因谱数据进行连锁不平衡分析.多位点强和显著的连锁不平衡性和限制性重组序列分析显示,微孢子虫的克隆群体结构的存在,同样在等位基因谱数据分析中得到验证.F检验显示中性突变的缺失和分子选择的存在,并且比较了常见的ITS基因型(CM1,V,D型)的群体结构.在突变序列强的连锁不平衡与不显著的连锁不平衡和或LE的等位基因谱数据分析显示在常见的ITS基因型呈地方群体.种系发育分析和亚结构分析都没有显著的遗传隔离,也比较了亚群1(主要包括Ⅳ型),亚群2(主要包括CM1型和D型),亚群3(包括多个基因型)和亚群4(包括Henan Ⅴ型).在突变序列强的连锁不平衡与不显著的连锁不平衡和/或连锁平衡的等位基因谱数据分析显示在亚群中流行群体的存在.