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为了响应我国政府机构职能改革的要求，本文从我国市场化改革的历程出发，应用新结构经济学最新研究成果，提出交通运输政府机构职能向行业增长甄别和因势利导转变，鼓励行业内私营企业的发展，激励行业新型商业模式的创新等。政府机构在公用事业管理中有三大职能，即构建市场环境、法律环境、技术和信息环境；从经济学角度来看，交通运输行业政府机构职能在行业经济环境建设方面着重放在打破专营权垄断以及避免存在行业垄断中的市场开放；在行业法治环境建设方面要实现行业的“非禁即入”和多样化利益解决机制；在行业技术环境建设方面着重在构建行业技术标准体系和企业信息平台建设。