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如果药物分子被视为分子机器/器件,药物设计学需要回答下述基本问题:如何将分子划分成子结构单元?从子结构单元如何组装成分子?如何预测/评价分子的活性/性质.为了解决这些问题,在已有的图论算法工作基础上(如分子图识别算法GMA1,分子图簇分析算法SCA2,分子类药指数算法DLI3,原子中心片段方法ACF等),我们发展了一系列新的图论算法:如,从分子库中导出高频子结构的从头计算算法DSGA4、3D分子叠合算法GSA5、专注局部子结构特征的3D子结构相似度算法LSA6、基于规则和靶标的药物分子组装方法7、规则嵌入的朴素贝叶斯学习算法8.