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蛋白质组学从一个机体或一个组织、一个细胞等不同层次“整体”的蛋白质活动的角度来获得蛋白质水平上关于疾病发生、细胞代谢等过程的整体而全面的认识，这种研究思路与中药多靶点调节的特征相一致。本文介绍蛋白质组学的发展概况及核心技术，着重综述近几年蛋白质组学在病证模型研究、中药药效学评价及相关机制研究、中药毒性研究等方面的进展。