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基因流是转基因作物与非转基因作物长期共存当中的关键问题。在此对两种重要的转基因流的情况进行讨论。其中之一是有关其生物学的问题，包括基因向野生近缘种或环境流动及其对人类健康和环境的潜在危害。这些危害可能和最初预想的转基因作物的用途有很大的不同。第二是法律问题，种植转基因或非转基因作物的农户在与转基因知识产权持有者或作物被转基因污染的邻近农户的法律诉讼当中处于弱势。