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施工作业引起海水中悬浮物增加，降低了海水的透明度，影响浮游植物的光合作用，降低局部海域内的初级生产力水平。渤海海域水体浊度增大到2倍时，上层水体浮游植物初级生产能力减少31％，受此影响，上层浮游动物次级生产能力减少38％。水中悬浮物质含量过高，鱼类的鳃腺积聚泥沙微粒，严重损害腮部的滤水和呼吸功能，甚至导致鱼类窒息死亡。如果施工现场的悬浮物在200以下，悬浮物对鱼类的影响主要体现在摄食率和孵化率两方面，对鱼的成活率和增长率影响不大。
但由于沿岸水域幼体比例较高，还有较多数量的鱼卵、仔鱼，在考虑悬浮物对渔业资源的影响时，必须考虑对鱼卵孵化率的影响作为定量依据。工程实例表明，在施工尽量保证附近养殖场内悬浮物的人为增加量不超过10mg/l的情况下，仍会造成附近500米养殖区域内贝类的死亡率增大，平均生长量降低。