【摘 要】
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转座子是真核生物基因组的重要组成部分.其中自主型的逆转座子如LTR和LINE元件在各类群物种的分子系统发育、遗传多样性等方面的研究中得到了广泛的应用.为了揭示德国小
【机 构】
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四川大学生命科学学院,四川成都,610065
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转座子是真核生物基因组的重要组成部分.其中自主型的逆转座子如LTR和LINE元件在各类群物种的分子系统发育、遗传多样性等方面的研究中得到了广泛的应用.为了揭示德国小蠊(Blattella germanica)基因组中转座子的种类与分布,以及转座子自身的遗传变异特性,本研究采用RepeatModeler的de novo预测和使用RepBase库进行同源性搜索相结合的方法,在德国小蠊中鉴定出了76个DNA转座子家族,占基因组的9.44％.逆转座子中非长末端重复逆转座子LINE家族33个,占基因组的7.12％,SINE家族37个,占基因组的2.59％,长末端重复逆转座子LTR家族24个,占基因组的0.3％.所有转座子序列长度占整个基因长度的19.46％.对转座子的插入时间进行估计的结果表明,大部分元件都是最近四万年进入到德国小蠊基因组中的.我们还比较了切叶蚁(Acromyrmex echinatior)、黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)、大蜜蜂(Apis dorsata)、佛罗里达弓背蚁(Camponotus floridanus)、印度跳蚁(Harpegnathos saltator)、西花蓟马(Frankliniella occidentalis)、东亚飞蝗(Locusta migratoria)、豌豆芽(Acyrthosiphon pisum)、大头美切叶蚁(Atta cephalotes)、古白蚁(Zootermopsis nevadensis)等10种昆虫与德国小蠊中共有的LINE和LTR超家族分支的差异,结果表明不同分支在不同昆虫中有着不同的扩张.基于转座子构建的进化树表明古白蚁与德国小蠊的关系最近,古白蚁是从德国小蠊祖先中分化而来的.对德国小蠊LTR和LINE逆转座子的鉴定和系统进化分析,有助于我们理解逆转座子的进化历程及其在昆虫进化中的作用.
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