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ReaxFF MD[1](Reactive Force Field Molecular Dynamics)是一种将分子动力学与经验化学反应力场相结合的反应分子动力学方法.与传统的分子动力学方法相比,它可以模拟体系的化学反应;相比量子化学方法,可以模拟相对较大的体系(>1000个粒子).目前国际上集成了ReaxFF力场的模拟平台主要有材料设计软件Materials Studio、量子化学计算软件ADF、以及分子动力学模拟软件LAMMPS.采用LAMMPS以及其他具有ReaxFF力场的模拟平台进行ReaxFF MD模拟的结果包括模拟体系所有原子在不同输出时间步的空间位置以及原子间的连接关系.上述集成了ReaxFF力场的模拟平台,对ReaxFF MD模拟结果的分析,也至多给出以分子式表示的分子个数(Number of molecules)随时间步变化的情况.这个分析结果远远无法让进行模拟的研究人员了解所模拟的过程中发生的化学反应细节,特别是对于复杂体系(如煤)的模拟.因此,创建ReaxFF MD模拟结果的深入分析工具,将模拟得到的轨迹文件中包含的化学反应信息以直观、清晰的方式呈现出来,是应用ReaxFF MD亟待解决的问题.本文主要介绍ReaxFF MD模拟结果深度分析工具VARMD (Visualization and Analysis of Reactive Molecular Dynamics)的创建及其基础功能的实现.目前VARMD的基础功能包括化学反应识别、分子片段2D结构图生成、分子片段追踪,及分子的3D可视化等.已用于复杂体系的模拟分析,如煤体系的热解[2]、聚乙烯的热解.