我国对南海拥有不可争辩的主权，但从20世纪70年以来东南亚国家纷纷抢占我国南海岛屿，其中菲律宾是东南亚国家中最早对南海提出"主权"要求的，也是除越南之外侵占我国岛屿数量最多的国家。中菲南海争端与其他南海争端相比既具共性，也有特性。通过对中菲南海争端的由来与演变、原因等多方面进行研究、分析，结果表明菲律宾对南海的侵占可分为三个阶段：上个世纪70年代之前的民间"权利"主张行为、70年代到90年代的政府侵占行为和20世纪90年代以来进一步扩大侵占范围；其原因也分为南海自身资源及战略地位独特、《联合国海洋法公约》影响、中菲及区域外大国战略需要等多个方面。最后，分别从加强中菲经贸合作、积极与区域外大国沟通、深入研究《联合国海洋法公约》等国际海洋法、提升海军国防能力以及两岸联手共同维护中华民族核心利益等多个方面提出了中菲南海争端的应对措施，并以菲律宾为解决南海错综复杂的海洋权益争端的切入口，形成"多米诺骨牌"效应，逐个和平解决与其他南海周边国家的争端。