利用RNA-seq研究玉米弯孢叶斑病菌黑色素和毒素协同表达机理

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玉米弯孢叶斑病菌(Curvularia lunata)作为一种主要的玉米叶部病害在我国玉米种植区广泛分布。黑色素和毒素是玉米弯孢叶斑病菌次生代谢产生的两种主要的致病因子。尽管玉米弯孢叶斑病菌CX-3全基因组序列已经测通,但是对于黑色素和毒素的合成机制及二者的协同表达机理尚未完全研究透彻。前期研究获得了一株PKS18基因敲除突变株△PKS18和一株产毒缺陷型菌株T806。△PKS18完全丧失了产黑色素的能力,同时降低了产毒素能力;而T806完全不能产毒素,同时产黑色素能力降低。因此,我们对△PKS18和T806进行了转录组测序,以便发现黑色素和毒素合成基因,以及二者的协同表达模式。通过RNA-seq分析,我们发现了大量差异表达基因,发现了黑色素合成过程的相关基因,并且对毒素合成基因簇进行预测。另外,我们进行了可变剪接分析,发现76.15%的可变剪接属于Intron retention(IR)。
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