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柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus, CTV)组群自然条件下存在株系分化现象。本研究利用RT-PCR技术扩增、克隆了来自我国不同地区的21个柑橘衰退病毒分离物的5’端A、F变异区。通过分析发现,21个不同来源的分析物在5’端A、F区存在较大的变异。21个分离物A区平均序列相似性为95.92%,相似性最低的为85.8%,最高可达99.8%;与GenBank中9个代表性株系的平均相似性为84.21%。可见不同来源的CTV分离物5’端序列A, F区变异较大。