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协调土地利用与生态环境的关系是区域土地利用规划的重要环节。本文在综合分析南京市土地利用与生态环境关系的基础上，提出南京市目前土地利用的主要生态环境问题包括：工业与城镇集中区水环境污染比较严重，在一定程度上威胁饮用水源；重化工业及交通的快速发展导致部分地区空气污染问题突出；城市点源与面源污染物排放导致局部地区土壤污染问题严峻；建设用地与人口集聚区“热岛效应”明显；局部地区不合理土地利用造成水土流失；自然生态保护用地不足导致生态系统服务功能下降。结论认为环境友好型土地利用模式是协调土地利用与生态环境关系的关键对策，为协调两者关系，必须实施集约利用建设用地、发展“绿色工业”、构建区域生态安全格局、加强重要生态功能区保育等措施。