公众参与转基因生物风险管理主要分为三个渠道。首先是转基因问题的主管单位。在实践中，因为缺乏主管单位和公众的沟通交流平台，公众无法参与管理，便导致了第二个渠道的扩大，公众不得不找主管单位的上级单位。上级单位主要表现为人大和国家领导人。人大在转基因辩论的进程中发挥了重大作用，不过客观地讲，人大的功能并没有充分发挥出来。公众参与管理的第三个渠道是媒体，借助媒体发出自己的声音，并评价、批评其他媒体的观点。目前，转基因问题在国内还在激烈争论当中。转基因大讨论的过程，充分暴露了我国种业、粮食、农业、生态环境、经济、科研体制、国家安全等诸方面的问题。通过此次讨论发现，中国在转基因主粮的研究、推广、监管乃至后期商业运作等方面还都不成熟，对于转基因安全性还有待进一步认识。这对于及早发现问题、解决问题意义重大，这是利国利民的好事。主管单位应该建立与公众有效沟通交流的渠道，才能有效地发现问题、改正问题。变被动为主动，使得部门利益和国家利益、人民利益一致。通过对转基因大讨论这一公众事件的总结发现，我国亟待建立公众参与转基因生物风险管理的长效机制，从立法、决策、执行、监督、善后的一系列机制。