短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)属于芽孢杆菌科,芽孢杆菌属。该细菌呈杆状,革兰氏染色为阳性,具有运动性。短小芽孢杆菌菌落具有不透明和半透明两种形态。不透明状菌落为乳白色,有黏性,半透明菌落为乳黄色,光滑。短小芽孢杆菌不仅能够分泌有利于降解大分子物质且活性较强的纤维素酶、木聚糖酶、果胶裂解酶和脂肪酶等,还产生抗菌素及抗菌蛋白等颉颃性物质,抑菌范围广,因此,短小芽孢杆菌作为生防细菌用于环境、工业及农业有害生物治理。但是,短小芽孢杆菌亦能引起白菜、甘蓝、大蒜以及马铃薯等作物采后储藏软腐病。2015年12月,本团队在广东省惠州市博罗县马铃薯种植区调查时发现,种薯发病率为3%。种薯表面发软,纵切薯块,薯肉为黑色水渍状。取病薯块病健交接处薯肉进行病原菌分离,纯化获得10个菌株,10个菌株分别接种健康薯块,其中4个菌株(BP-hd-1,BP-hd-2,BP-hd-3,BP-hd-4)接种的薯块发病症状与种薯的发病症状一致,其余6个菌株未引起明显症状。利用细菌16S rDNA通用引物27f和1941r对4个菌株的总DNA进行PCR扩增,获得大小约1500bp的条带。序列测定及Blast结果表明,4个菌株间16S rDNA序列同源率为99.6%~99.9%,4个序列与短小芽孢杆菌菌株UBT3 16S rDNA序列(KR780583)同源率为99%~100%。从接种发病的薯块再分离获得菌落形态一致的菌株10株,随机选取4个菌株进行16S rDNA扩增并进行测序比对,这4个菌株的16S rDNA序列与接种菌株16S rDNA序列的同源率为100%,与短小芽孢杆菌菌株UBT3 16S rDNA序列的同源率为99%。这些结果初步证明,短小芽孢杆菌是引起马铃薯薯块软腐病的新病原。