人类对矿产资源的开发利用过程形成了大量酸性矿山废水(AMD)，含有重金属、硫酸盐(SO42-)等污染物，对生态环境造成了严重威胁。目前有关被动式生物修复系统处理AMD 废水的研究主要针对有机底物成分对重金属去除性能的影响，对于系统中微生物与处理性能之间的关系尚不清楚。本研究使用秸秆堆肥(SCP)和虾蟹壳(CS)的不同比例底物混合物构建了九组连续流柱式AMD 废水生物处理系统，对污染物处理性能和微生物群落结构进行了分析。结果 表明，含CS 处理柱的出水pH、碱度、溶解性有机碳和铵离子浓度较高，其SO42-还原能力和持续时间与CS 含量呈正相关关系。含CS 处理柱能去除进水中绝大部分的溶解态Cu(＞99％)和Cd(＞95％)，其它金属(Fe、Mn、Al、Zn、Ni 和Co)的去除率也高于无CS 处理柱。高通量测序分析发现，硫酸盐还原菌(SRB)和具有发酵能力的微生物的相对丰度在高CS 含量处理柱中较高，在无CS 处理柱中最低，这可能是导致其AMD 废水处理效果存在差异的原因。利用新型有机底物CS可以为SRB 提供丰富的碳氮源，确保其代谢活性，从而提高SO42-还原效率，改善AMD 废水生物处理系统的整体性能和稳定性。