人和大鼠自噬相关新基因WIPI-3的电子克隆和序列分析

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目的:人和大鼠WIP13基因的电子克隆和序列分析。方法:综合运用基因电子拼接和比较基因组分析等生物信息学手段进行新基因的电子克隆和注释。人WIP13 cDNA全长序列通过拼接CR593190、NM019613和BC000974 cDNA 序列获得。大鼠WIP13基因的cDNA序列通过拼接EST序列 CB727439、CB737031、BF557312、BG663387和预测的CDS 而获得。结果:成功克隆了人和大鼠自噬相关新基因WIPI- 3的cDNA,上述两个新基因序列均得到了人类基因组序列和 EST序列的双重支持,并且经初步RT—PCR验证是完全正确的,GenBank登记号分别为:AM182326和NM001039587, 其中人WIP13基因修正了目前基因库中注释的WIP13序列, 大鼠基因为国际上首次克隆,已被定为模式序列。结论:基因电子拼接结合种属同源基因比较分析,可大大提高电子克隆的精确性,这种方法可有效用于新基因的克隆和注释。
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