养猪微生物发酵床分解猪粪、消除恶臭，将猪粪形成生物菌肥，实现了养猪污染的微生物治理和猪粪的资源化利用，微生物起到关键作用。然而，关于发酵床微生物群落的种类、数量、结构等方面系统研究鲜见报道。研究团队采用高通量宏基因组学方法，全面而系统地开展了微生物发酵床的微生物组研究，揭示不同空间、不同深度、不同发酵程度、不同垫料组成、不同季节发酵床中的微生物组成及其区系演替规律。本文就相关的宏基因组测序的样本采集、样本处理、测序原理、分析模型、数据统计、结果表述等分析流程和方法进行了归纳，阐明微生物组分类操作单元(OTU)鉴定，物种累积曲线，核心微生物组，种类丰度主成分分析，种类秩-多度曲线，物种组成丰度柱状图、热图、星图等分析的原理与方法，列举微生物组种类复杂度α-多样性分析、β-多样性分析、种类显著性差异LEfSe分析，种类冗余分析等实例，为深入研究发酵床微生物群落的提供了完整的分析思路和范例。