朝仓花椒ARF基因家族生物信息学分析

来源 :第十一届西南三省一市生物化学与分子生物学学术研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:fuming
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
  生长素(auxin)是具有促进植物生长作用的植物激素.在植物体内,生长素相关基因表达受到生长素响应因子(auxin response factor, ARF)的调控,凶此,这类转录凶子在植物信号转导和生长发育中起着至关重要的作用.朝仓花椒(Zanthoxylum piperitum DC var.inerme Makino)是花椒(Zanthoxylum piperitum DC)中的一种无刺品种,是一种药食两用经济植物.本项目组通过对朝仓花椒进行了转录组测序,并利用BLAST程序对转录组数据库进行比对和注释,获得朝仓花椒ARF基因家族序列信息,再通过MEGA、WebLogo、DNAMAN等生物信息学分析工具,对朝仓花椒ARF基因进行分析,发现朝仓花椒共存在23个ARF家族基因,对这些候选基因进行保守域分析发现,朝仓花椒ARF基因具有保守DNA结合域(DNA binding domain,DBD)和ARF区域,也有部分ARF基因只具有DBD保守域或ARF保守域.进化分析结果表明,朝仓花椒ARF基因家族在进化上可分为Ⅰ-Ⅴ共5个组,成员数分别为1、5、10、5和2个.研究结果为进一步克隆、鉴定和利用ARF基因奠定了基础.
其他文献
  烟草(Nicotianatabacum)是富含生物碱且以收获成熟叶片为目的的特殊经济作物,其中烟碱(Nicotine)是最主要的生物碱。同时烟碱是影响烤烟烟叶质量的重要指标,烟碱含量的高低
  目的 研究补体旁路激活所导致的小鼠肺部急性炎症的发生发展及相关指标的变化,为药物筛选及干预研究提供合适的条件参考.方法 SPF级KM小鼠尾静脉注射眼镜蛇毒因子(CVF)激
  紫苏(Perilla frutescens L.)是唇型科紫苏属植物,种予含油率通常在35%-50%左右,其油脂中a-亚麻酸约占脂肪酸含量的60%-70%.α-亚麻酸为人体必需脂肪酸,具有降低血液粘稠度、甘
  香猪和柯乐猪都是我国珍贵的地方猪种,有着丰富的遗传资源信息,此外还有着巨大的经济和科研价值。由于环境、人工选择、饲养模式等的差异,种内或种间无论在基因还是表型
水稻是最重要的粮食作物之一,世界半数以上的人口以水稻为主食.分蘖是影响水稻等主要农作物穗数并进而影响单产的重要农艺性状之一,袁隆平提出的现代优质水稻种质重要优良性
  Hydroxyproline-rich glycoproteins (HRGPs) are reported to function in many cellular and physiological processes;however, their biological roles are not comp
植物microRNA(miRNA)是一种长度在19到24个核苷酸小非编码RNA.这类小RNA分子可以通过碱基互补的方式协助植物内源的Argonaute(AGO)蛋白靶向目的基因的mRNA并该基因的表达起到
随着高通量测序的发展,越来越多的研究发现成熟的microRNA(miRNA)并不是其前体pre-miRNA的唯一功能性产物,许多miRNA的突变体(isomiR)在植物抗逆方面同样起到了十分重要的作